Python读取DICOM图像：SimpleITK与pydicom实战示例

Aria

发布时间：2026-10-14| 6人浏览过

原创

本文介绍Python中读取DICOM图像的两种常用方法。首先演示使用SimpleITK库批量读取DICOM序列并转换为数组，适用于三维医学影像处理；其次展示利用pydicom库读取单张DICOM文件并显示图像，包含像素数据修改与保存的完整代码示例。

使用SimpleITK读取DICOM序列

首先介绍如何使用SimpleITK库读取DICOM序列。该方法适用于处理包含多个切片的多帧医学影像数据。


import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

使用dicom库读取并显示单张图像

接下来演示如何使用dicom库读取单张DICOM图像并进行显示。此方法适合处理单个DICOM文件，并展示了如何获取像素矩阵及可视化图像。


import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.PixelData 
 
##CT值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm")