Ubuntu下使用Python将NIfii格式医学图像批量转换为PNG

Owen

发布时间：2026-10-13| 5人浏览过

原创

本文详细介绍在Ubuntu 16.04系统中，利用Python 3.5及nibabel、numpy等库，将NIfii格式的医学影像文件批量转换为PNG图片的方法。涵盖环境安装、核心代码实现及关键注意事项，帮助开发者高效处理医学图像数据。

Ubuntu下Python转换NIfii为PNG的方法

本文介绍一种将NIfii格式文件转换为PNG格式的具体方法。

以下内容主要演示如何将多个NIfii文件批量保存为PNG格式。

参考链接：https://www.jb51.net/article/165692.htm

环境配置与依赖安装

运行环境：Ubuntu 16.04

开发语言：Python 3.5

首先，需要通过pip命令安装nibabel、numpy、imageio以及os模块。

核心代码实现与注意事项


import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
 
def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件
 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件（其实是提取文件）
 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据
 return img_fdata
 
def save_fig(file):     #保存为图片
 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数，获得数据
 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）
 for k in range(z):
  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片
  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
          #将切片信息保存为png格式
 
dir = './.nii'      #nii的路径
savepicdir = ''      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹
save_fig(dir)      #运行程序，保存为图像

务必在函数中返回img_fdata，否则处理下一个文件时可能会引发错误。

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